吉他协会理事会主席团统筹协会工作，下设文艺部、秘书部、纪检部、外联部、组织部、财务部、策宣部七个部门，各部门各负其责相互合作，每个部门都能得到不同的能力锻炼。主席团主席、副主席、主席助理各一名；各部门部长、副部长各一名，干事若干。普通成员加入心仪的部门，成为该部门成员，做协会的预备力量。协会在吉他教学活动中的招收的学员可加入部门也可只参与学习。